1、自然保护区系统保护规划方法的发展与应用
系统应用GAP分析、热点地区分析、系统保护规划方法进行保护区规划设计。结合中国实际，从目标确定，保护对象权重确定，威胁分析等方面进行了研究。
应用C-plan等保护规划软件，对三江源地区东北内蒙古林区、长江上游森林生态区、全国保护区规划不同尺度进行了分析，促进了我国保护区系统规划与国际接轨。
2、中国生物多样性保护优先区研究
在林业系统自然保护区系统规划基础上，运用系统保护规划方法和技术系统研究了中国生物多样性保护优先地区
该研究结果为中国生物多样性国家战略和行动计划所采用，作为核心专家负责了该部分的写作，成为该行动计划的基础。在本报告中接受了我提出的保护区发展在从数量到质量转变阶段，保护区建设需要关注优先地区，实现优先区保护区网络化的观点。2010年国务院常务会议批准发布。
3、保护区生物标本与资源整理整合与共享
在科技部平台项目资助下，组织40多家单位对190多个保护区生物标本整理整合工作，主要创新点如下：
首次建立了标本-野外状态-生境与群落-行为等数据组织方式，提出保护区平台建立的标准规范
系统整理了生物标本80多万份
建立了数字保护区模式，提出了针对科学研究、保护区管理、社会公众的不同服务模式
建立了保护区边界、物种资料、影像和红外相机数据
4、气候变化对野生动物和自然保护区影响
建立了最大熵为基础的多要素气候因子与生境模型相结合的野生动物影响评价模式，同时可以对多个物种进行分析，对气候变化对野骆驼、大熊猫、金丝猴、雪豹和普氏原羚等进行了预测
提出了将现在适宜生境和气候变化情景下的适宜生境综合考虑作为保护目标的系统保护规划方法，并在青藏高原进行了系统验证
预测了气候变化对三江源和神农架保护区影响，进行了气候变化对保护区影响的问卷调查，提出了保护区功能区划技术规程，发展了保护区适应气候变化的技术体系
5、自然保护区管理技术研究
与WWF专家一起，提出了保护区快速评估方法（RAPPAM），在20多个国家得到应用。
参与了国家林业局保护区管理有效性评估标准的起草
发展了保护区管理计划编制技术，在GEF项目基础上编制了保护区管理计划专著
提出了遥感监测-视频监测-野外巡护数据和GIS平台为核心的数字化保护区概念，成为国家林业局保护区规划和示范保护区建设的关键内容之一
6、 三江源自然保护区研究
三江源生态建设工程咨询专家组副组长
连续10年开展了三江源藏羚羊、雪豹等的监测工作
开展了三江源地区生态系统服务功能和系统保护规划研究
出版了专著三江源地区系统保护规划专著
7、三江源自然保护区生态与社会经济价值研究
提出了自然保护区生态服务功能评估的指标体系
利用GIS和遥感资料以及地面调查资料，研究了三江源地区生态系统土壤保持、涵养水源、固定CO2和释放O2等4项生态功能
利用市场价值法、机会成本法和影子工程法等评估了其生态功能的价值
土壤保持总量为1.0383×109t·a-1, 其价值总计为1.2528×109 元·a-1；植被凋落物和土壤涵养水源能力为1.6469×1010t·a-1，涵养水源能力价值为1.1034×1010元·a-1；生态系统固定CO2 为1.4128×108t·a-1，价值为1.0053×1010－4.7798×1010元·a-1；释放O2为1.0401×108t·a-1，价值为3.6709×1010－4.1605×1010元·a-1；4项生态功能合计总价值为5.9049×1010－1.0169×1011元·a-1。
8、 普氏原羚监测与系统保护规划研究
先后获得美国Denver动物学基金、科技部社会公益项目、国家自然科学基金、国家林业局重点项目资助，持续开展了有关普氏原羚的研究，作为副主编出版专著1部，在副研期间发表论文10篇，其中SCI3篇。
食性分析、活动规律及生境特征，发表在兽类学报和动物学研究
生境破碎化对普氏原羚分布的影响：发表在生态学报和生物多样性
根据8年研究普氏原羚种群数据，模拟生境变化、捕食压力与人类放牧活动下，普氏原羚种群生存力的变化及其管理对策，研究结果发表在SCI刊物。
以普氏原羚为关键保护目标，评价了青海湖保护区设计的合理性及其保护空缺，成为青海湖保护区边界及其功能区调整的关键依据，发表在自然资源学报。
以普氏原羚生境空间最优化模型为核心，利用分子粪便学手段，实现个体识别，研究普氏原羚种群动态与生境异质性的关系，2003年获得国家自然科学基金资助
9 野骆驼保护生物学研究
红外相机水源点的监测
基于分子粪便学的个体识别和种群数量估计
栖息地评价及其威胁分析
10、神农架金丝猴研究
主办单位：自然之声
基于 E-file 技术构建